在签订就业协议时，是否可以加盖合同章并在协议中说明公章的用途？

可以加盖合同章并说明用途，但须确保印章有效。依据《劳动合同法》，劳动合同需用人单位公章确认，合同章等内部章需授权并备案公示，否则可能影响合同效力，导致权益受损。
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可以加盖并说明。具体操作：1.确认合同章是否经过用人单位授权和公安机关备案；2.在协议中明确合同章的用途，确保与公章具有同等法律效力；3.如遇质疑，及时提供备案证明和授权文件，以维护合同权益。
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常见处理方式为加盖公章或合同章，并明确章用途。选择时，应确保所选印章已获用人单位授权，并经过公安机关备案及公示，以保证合同的有效性。